A linha de pesquisa encontra sustentação no Plano Nacional de Pós-Graduação – PNPG 2011-2020 (CAPES, 2010), especialmente em relação aos itens destacados nos documentos setoriais, com as seguintes tendências temáticas: sustentabilidade da produção, economia de baixo carbono, energias alternativas, defesa agropecuária e saúde e nutrição animal.

Os principais temas do Mestrado Profissional em Produção e Sanidade Animal (MPSA) relacionados à produção sustentável e sanidade de suínos englobam: Alternativas de diagnósticos mais eficazes, estudos da patogenia, epidemiologia e alternativas de controle de agentes infecciosos; Controle de salmonelas importante na segurança sanitária de produtos suínos; Estruturação de programa de vigilância epidemiológica e manejo populacional; Alternativas de tratamento de dejetos focado para a sustentabilidade ambiental; Eficiência reprodutiva dos rebanhos; Caracterização econômica dos sistemas de produção de suínos; Metodologias de inseminação artificial, inseminação artificial em tempo fixo e otimização do uso de reprodutores; Otimização do uso de centrais de difusão genética; Alternativas de manejo relacionadas ao bem-estar animal; Desenvolvimento de sistemas de produção com utilização mínima de antimicrobianos; Estudos relacionados à nutrição e alimentação nas diferentes categorias; Estudos de metanálise e modelagem matemática relacionada à nutrição animal.

Em relação aos projetos do MPSA relacionados à produção e sanidade de aves incluem: Desenvolvimento e execução de projetos objetivando o desenvolvimento ou a padronização de técnicas de diagnóstico, bem como o isolamento e caracterização de agentes microbianos; Desenvolvimento de novos produtos (imunobiológicos) que auxiliem no controle de enfermidades (vacinas) ou que possam ser utilizados na detecção de patógenos; Padronização e desenvolvimento de ensaios de detecção de agentes; Procedimentos de boas práticas de produção para a cadeia produtiva de ovos e frangos com enfoque na garantia da qualidade e benefícios de consumo; Pesquisas sobre o melhor manejo quanto a programas de luz, reciclagem de materiais, uso da cama de aviário, educação e preservação ambiental e qualidade da água para a cadeia avícola; Alternativas de manejo que preservem o bem estar animal em plantéis de poedeiras comerciais e recomendações de boas práticas no manejo de frangos; Uso das matérias primas residuais (óleos de frangos, graxa suína e sebo bovino) para a produção de biodiesel, como alternativa de fonte de energia renovável; Suplementação de diferentes enzimas na dieta para frangos de corte.

As cadeias produtivas de aves e suínos são bem estabelecidas no Estado cujos sistemas de produção atingem níveis de produtividade comparada ou mesmo superiores aos melhores do mundo. A evolução na área do melhoramento genético, manejo nutricional, sanitário e gestão da produção foram determinantes para chegar aos índices zootécnicos que se obtêm nos rebanhos. Outro fator importante de mercado, com impacto social, é que as unidades de produção estão aumentando de tamanho de forma muito significativa, ao passo que o número de produtores tem diminuído. O número de aves alojadas (corte e postura) tem crescido constantemente na última década, enquanto que o plantel de suínos tem se mantido estável em termos de matrizes alojadas, embora se registre aumento dos índices de produtividade.

O mercado de aves e suínos caracteriza-se pela especialização, ou seja, profissionais normalmente com atuação em uma atividade específica, por exemplo, genética, nutrição, reprodução, sanidade, etc. Os dois setores são altamente competitivos, exigindo constante atualização dos profissionais que atuam nesses segmentos, com vistas a manter e melhorar os índices de produtividade bem como o padrão sanitário dos rebanhos.